Il y a bien longtemps, les habitants du Palais de Camaron se retrouvèrent au bord de la destruction. Heureusement, ils furent sauvés par Sir Aaron, le Gardien Suprême de l'Aura. Il se sacrifia pour mettre fin à une guerre entre royaumes. Depuis ce jour, un tournoi est organisé chaque année en commémoration de son noble sacrifice. Satoshi, un jeune dresseur de Pokémon originaire de Kanto, parvient

Il y a bien longtemps, les habitants du Palais de Camaron se retrouvèrent au bord de la destruction. Heureusement, ils furent sauvés par Sir Aaron, le Gardien Suprême de l'Aura. Il se sacrifia pour mettre fin à une guerre entre royaumes. Depuis ce jour, un tournoi est organisé chaque année en commémoration de son noble sacrifice. Satoshi, un jeune dresseur de Pokémon originaire de Kanto, parvient à remporter le dernier tournoi et se voit confier un bâton qui aurait appartenu à Sir Aaron lui-même. Lucario, le Pokémon Aura, qui est également le serviteur du Gardien Suprême, émerge du bâton. Cependant, se souvenant du dernier souvenir de son maître l'ayant abandonné, Lucario s'enfuit, confus. Pendant ce temps, Pikachu, le compagnon de Satoshi, est brusquement emporté par un Pokémon nommé Mew vers l'Arbre de la Vie. Seul Lucario connaît le chemin pour s'y rendre, mais il ne fait plus confiance aux humains après la trahison de son maître. Malgré cela, pour sauver son partenaire, Satoshi et ses amis devront rassembler toute l'aide nécessaire et se rendre à l'Arbre de la Vie, révélant ainsi des vérités cachées depuis des siècles.