Dans des temps immémoriaux, alors que la Terre se dirigeait vers une collision avec un météore, le Pokémon légendaire Arceus utilisa son pouvoir pour éviter le danger. Cependant, cet exploit provoqua la dispersion de ses 16 Plaques à travers le monde. Sans l'énergie vitale que lui fournissaient les Plaques, Arceus commença à dépérir. Un humain nommé Damon parvint à retrouver l'une des Plaques et l

Dans des temps immémoriaux, alors que la Terre se dirigeait vers une collision avec un météore, le Pokémon légendaire Arceus utilisa son pouvoir pour éviter le danger. Cependant, cet exploit provoqua la dispersion de ses 16 Plaques à travers le monde. Sans l'énergie vitale que lui fournissaient les Plaques, Arceus commença à dépérir. Un humain nommé Damon parvint à retrouver l'une des Plaques et la rendit au Pokémon moribond, l'aidant ainsi à recouvrer ses forces. En récompense, Arceus créa le Joyau de Vie et le confia aux habitants de la ville de Lugia, stipulant qu'il devait lui être rendu. Mais les humains refusèrent, s'accaparant le Joyau. Dans la bataille qui s'ensuivit, Damon fut tué et Arceus s'endormit, jurant de punir l'humanité à son réveil. Sacha et ses compagnons arrivent à Lugia, où ils rencontrent Sarah, une descendante de Damon, qui affirme détenir le Joyau de Vie et compte le rendre à Arceus lors de son réveil. La situation prend un tournant inattendu lorsqu'Arceus, malgré les bonnes intentions de Sarah, reste insatisfait. Sacha doit maintenant empêcher la destruction de l'humanité tout entière, car la fureur d'Arceus provoque des distorsions dans le tissu de l'univers, courrouçant le trio légendaire – Dialga, Palkia et Giratina – et déréglant l'équilibre du monde.