Synopsis

Alors que Satoshi et ses amis poursuivent leur voyage à travers la région de Johto, ils visitent Amarfle, une ville insulaire qui accueille une course annuelle appelée la Course Aquatique Pokémon. Pendant que Takeshi et Kasumi s'amusent, des choses étranges semblent arriver à Satoshi : il perd la course aquatique, voit des femmes attaquer une fille avec leurs Pokémon, et bien qu'ils l'aient sauvée, la fille nie plus tard avoir déjà vu Satoshi et Pikachu auparavant ! Heureusement pour Satoshi, sa confusion se dissipe lorsqu'il apprend que la fille qu'il et Pikachu avaient sauvée plus tôt était en fait un Pokémon nommé Latias, qui aime se déguiser en sa meilleure amie humaine, Lilia. Latias et un autre Pokémon, Latios, sont connus sous le nom de Pokémon Éon, car ils habitent et protègent Amarfle aux côtés d'une mystique sphère bleue appelée le Joyau du Souvenir. Une ancienne légende d'Amarfle est fortement liée aux Pokémon Éon et au Joyau du Souvenir, et elle est bien connue des habitants, ainsi que des premières agresseuses de Latias, les sœurs voleuses Zara et Mina. Alors que les voleuses tentent de s'emparer des Pokémon Éon et du Joyau du Souvenir, Satoshi est forcé d'agir pour les empêcher de semer le désastre à Amarfle.