Synopsis

Serebii, un Pokémon Légendaire connu pour son pouvoir de voyager dans le temps, est traqué par un braconnier de Pokémon sans nom qui cherche à le capturer. Yukinari, un jeune dresseur de Pokémon qui aime dessiner des portraits de Pokémon, tente de protéger Serebii après que celui-ci soit tombé sur lui. Mais en plein milieu de sa fuite, tous deux disparaissent sans laisser de trace. Quarante ans plus tard, Satoshi, un dresseur de Pokémon ambitieux, espère apercevoir des Pokémon rares dans sa région. White, un capitaine de bateau, emmène Satoshi à son village. Satoshi est accompagné de ses trois amis les plus proches : Takeshi, un ancien champion d'arène qui s'entraîne pour devenir un excellent éleveur de Pokémon ; Kasumi, une jeune fille qui veut devenir une dresseuse experte de type Eau ; et Pikachu, le partenaire Pokémon de Satoshi et son premier compagnon. Pendant ce temps, Yukinari et Serebii réapparaissent dans le présent de Satoshi et tombent sur son groupe. Lord Vicious Masqué, le plus puissant membre exécutif de la Team Rocket, désire capturer Serebii. En utilisant la Sombre Balle, une variante de la Poké Ball qui corrompt les Pokémon capturés et libère leur puissance maximale, Vicious peut transformer des Pokémon innocents en obstacles puissants et terrifiants, y compris Serebii lui-même ! Se retrouvant dans une situation difficile, Satoshi, Yukinari et leurs amis doivent unir leurs forces pour vaincre Vicious et sauver Serebii ainsi qu'eux-mêmes.