Zenigata arrive à la fête d'anniversaire d'un important politicien afin d'enquêter sur un faux avis de passage de Lupin. Lupin se présente également. Soudain, des assassins masqués font irruption et commencent à tirer sur tout ce qui bouge. Zenigata poursuit Lupin au milieu des coups de feu et le coince dans la cour de la maison. Soudain, une main tenant un Walther P-38 sort d'une fenêtre et tire

Zenigata arrive à la fête d'anniversaire d'un important politicien afin d'enquêter sur un faux avis de passage de Lupin. Lupin se présente également. Soudain, des assassins masqués font irruption et commencent à tirer sur tout ce qui bouge. Zenigata poursuit Lupin au milieu des coups de feu et le coince dans la cour de la maison. Soudain, une main tenant un Walther P-38 sort d'une fenêtre et tire dans la poitrine de Zenigata. Lupin reconnaît le Walther comme étant le sien et décide d'enquêter. Les assassins qui ont attaqué la fête proviennent d'une île cachée appelée l'Île des Assassins. L'île est tenue secrète grâce à l'aide de hauts fonctionnaires du monde entier qui utilisent les assassins de l'île à leurs propres fins. Cependant, l'île recèle de nombreux secrets, et Lupin, Goemon, Jigen et Fujiko se retrouvent impliqués dans un complot qui divise en deux les habitants de l'île. Le film se penche également sur le passé de Lupin, à l'époque précédant sa rencontre avec Jigen.