Lupin, Goemon et Jigen s'emparent d'un mini-hélicoptère et mettent le cap sur la mystérieuse « Île flottante » à la recherche d'un trésor qui y serait caché. Au cours de leur exploration, le trio se heurte aux mortelles « Nanomachines », le système de sécurité de l'île. En activant l'alarme, le trio réveille « les Nanomachines ». La clé du mystère de l'île réside dans la petite nation de Zufu. Cet

Lupin, Goemon et Jigen s'emparent d'un mini-hélicoptère et mettent le cap sur la mystérieuse « Île flottante » à la recherche d'un trésor qui y serait caché. Au cours de leur exploration, le trio se heurte aux mortelles « Nanomachines », le système de sécurité de l'île. En activant l'alarme, le trio réveille « les Nanomachines ». La clé du mystère de l'île réside dans la petite nation de Zufu. Cette nation autrefois prospère est désormais dirigée par le général Headhunter, un homme impitoyable collectionneur de couteaux. Fujiko fait ce qu'elle sait faire le mieux et pirate l'ordinateur du général Headhunter dans l'espoir de trouver des informations cruciales. Zenigata reçoit un message vidéo de Lupin, dans lequel ce dernier annonce son désir de s'emparer du trésor inestimable. Oleander, une officière blonde au tempérament de feu et détenant ses propres secrets, vient prêter main-forte à Zenigata. Forts des informations fraîchement découvertes, Lupin, Goemon, Jigen et Fujiko retournent sur « l'Île flottante », mais cette fois, ils sont suivis par le général Headhunter.