Sous le couvert de la nuit, un samouraï masqué assassine cinq hommes à travers la métropole du Japon : trois à Tokyo, un à Osaka et le dernier à Kyoto. Dans leur enquête, la police apprend que chaque homme était membre des Genjibotaru, un gang de voleurs spécialisé dans le vol de statues et d'artefacts bouddhistes, qui se nomment eux-mêmes les serviteurs de Minamoto no Yoshitsune. Sans mobile cla

Sous le couvert de la nuit, un samouraï masqué assassine cinq hommes à travers la métropole du Japon : trois à Tokyo, un à Osaka et le dernier à Kyoto. Dans leur enquête, la police apprend que chaque homme était membre des Genjibotaru, un gang de voleurs spécialisé dans le vol de statues et d'artefacts bouddhistes, qui se nomment eux-mêmes les serviteurs de Minamoto no Yoshitsune. Sans mobile clair ni indices sur l'identité des autres membres, l'affaire piétine jusqu'à ce qu'un temple de Kyoto fasse appel au célèbre Kogorou Mouri. Ayant reçu une lettre anonyme contenant un puzzle étrange, les moines du temple demandent son aide pour le résoudre afin de récupérer leur statue perdue depuis longtemps. Pendant ce temps, Conan Edogawa et le détective lycéen Heiji Hattori font équipe pour résoudre le puzzle cryptique et trouver le meurtrier, tandis que Hattori est à la recherche de l'amour de son enfance. Grâce à la connaissance de Kyoto par Hattori, les deux parcourent les rues et découvrent progressivement la vérité, mais pas avant que le meurtrier ne frappe à nouveau, tuant un autre membre des Genjibotaru et, après des tentatives répétées sur la vie de Hattori, kidnappant finalement l'amoureuse d'enfance de Hattori. Ce n'est qu'en travaillant ensemble pour mettre en lumière des indices enfouis que Conan et Hattori peuvent espérer mettre fin au carnage du samouraï dérangé et sauver l'amour de Hattori.