Une nuit, le Tokyo National Institute of Microorganisms est attaqué par une mystérieuse organisation se faisant appeler les « Chats siamois rouges ». Le groupe provoque l'explosion d'un laboratoire ultra-sécurisé où est stocké un virus—réputé avoir un taux de mortalité de 80 % et sans remède connu. Cet acte de terreur fait les gros titres, éclipsant le dévoilement du plus grand dirigeable du monde

Une nuit, le Tokyo National Institute of Microorganisms est attaqué par une mystérieuse organisation se faisant appeler les « Chats siamois rouges ». Le groupe provoque l'explosion d'un laboratoire ultra-sécurisé où est stocké un virus—réputé avoir un taux de mortalité de 80 % et sans remède connu. Cet acte de terreur fait les gros titres, éclipsant le dévoilement du plus grand dirigeable du monde, développé sous la houlette de Jirokichi Suzuki. Curieusement, le dévoilement s'accompagne d'une note adressée à Kaito « Kaitou Kid » Kuroba, le défiant de voler le bijou exposé—l'illustre Lady Sky. Conan Edogawa est autorisé à monter à bord du dirigeable avec Kogorou Mouri, Ran Mouri, Sonoko Suzuki, le professeur Agasa et les Detective Boys. Cependant, leur divertissement s'arrête lorsqu'un appelant inconnu contacte Jirokichi et déclare avoir relâché un certain virus dans le fumoir. Peu après, des symptômes commencent à apparaître parmi les passagers et le chaos s'ensuit. Saisissant l'opportunité, les Chats siamois rouges apparaissent soudainement et détournent le dirigeable ! Pour arrêter les assaillants, Conan et Kaitou Kid, aux côtés de leurs alliés, doivent travailler ensemble pour déchiffrer les indices et découvrir le véritable objectif des Chats siamois rouges avant que le temps ne soit écoulé.