Après avoir échappé de justesse à une collision avec un Gauna gigantesque, au prix de nombreuses vies humaines, Kobayashi, la capitaine du vaisseau Sidonia, est amenée à changer de paradigme politique. Une fois qu'elle a pris le pouvoir, Kobayashi vise à éradiquer les Gaunas du système Lem, où d'anciens Sidoniens ont récemment établi une colonie. Son ambition est justifiée par deux avancées : le d

Après avoir échappé de justesse à une collision avec un Gauna gigantesque, au prix de nombreuses vies humaines, Kobayashi, la capitaine du vaisseau Sidonia, est amenée à changer de paradigme politique. Une fois qu'elle a pris le pouvoir, Kobayashi vise à éradiquer les Gaunas du système Lem, où d'anciens Sidoniens ont récemment établi une colonie. Son ambition est justifiée par deux avancées : le développement d'armes anti-Gauna à longue portée et très efficaces, et la création de Tsumugi Shiraui, le premier chimère humain-Gauna possédant un grand pouvoir destructeur. Face à l'hostilité envers les chimères et à sa coûteuse expédition militaire à grande échelle, Kobayashi fait appel à l'aide du nouveau pilote d'élite, Nagate Tanikaze. En raison de ses expériences personnelles avec Shizuka Hoshijiro et le placenta de Benisuzume, Tanikaze développe rapidement un lien étroit avec Tsumugi. Alors que la bataille finale contre l'adversaire le plus redoutable de l'humanité approche, Tanikaze essaie de profiter des derniers jours de paix avec son ami Izana Shinatose, tout en continuant secrètement la recherche par Kobayashi d'une arme expérimentale qui pourrait bien conduire à la destruction complète de Sidonia.