Synopsis

Après la destruction de la Terre par de mystérieuses formes de vie extraterrestres appelées Gauna, les derniers survivants de la race humaine se sont réfugiés dans l'espace à bord de l'immense vaisseau générationnel Sidonia. Après avoir dérivé dans l'espace pendant des millénaires, le Sidonia s'est retrouvé une fois de plus attaqué par les Gauna, pour la première fois depuis un siècle. Face à une nouvelle menace d'extinction, une victoire temporaire contre les Gauna a été remportée grâce à l'hybride humain-Gauna Tsumugi Shiraui et au pilote d'élite de mécha Gardien Nagate Tanikaze. 10 ans plus tard... Les habitants de Sidonia profitent d'un bref répit. Des jours paisibles s'écoulent, pendant lesquels Tsumugi commence à réaliser ses sentiments pour Nagate, désormais célébré comme un héros de Sidonia. Cependant, comme le Capitaine Kobayashi l'a toujours su, tant que les Gauna existeront, la paix ne pourra durer. La décision est prise : une bataille finale, sur laquelle repose le destin des derniers survivants de l'humanité. À l'approche de la fin, l'équipage sera-t-il capable de protéger ceux qu'il aime ?