Synopsis

Après avoir détruit la Terre il y a de nombreuses années, la race extraterrestre des Gauna poursuit les restes de l'humanité qui, ayant échappé de justesse, ont fui à travers la galaxie à bord de plusieurs vaisseaux-graines géants. En l'an 3394, Nagate Tanikaze émerge de son isolement de toute une vie, confiné dans les profondeurs du vaisseau-graine Sidonia, à la recherche de nourriture dans les niveaux supérieurs. Il se retrouve alors entraîné malgré lui dans des événements qui se déroulent sans sa connaissance. Lorsque les Gauna lancent leur assaut sur Sidonia, il revient à Tanikaze – avec l'aide de ses camarades soldats et amis Shizuka Hoshijiro, Izana Shinatose et Yuhata Midorikawa – de défendre le dernier espoir de survie de l'humanité et de vaincre leurs ennemis extraterrestres. Sidonia no Kishi suit Tanikaze alors qu'il découvre le monde qui se trouve au-dessus de lui depuis sa naissance, et devient le héros dont Sidonia a besoin.