Dans un futur lointain, l'humanité a trouvé un moyen de vivre éternellement en achetant des corps mécaniques, mais cette voie vers l'immortalité est extraordinairement coûteuse. Un garçon sans le sou, Tetsurou Hoshino, souhaite acheter un billet pour le Galaxy Express 999 — un train qui parcourt l'univers — car on dit qu'au bout de la ligne, ceux qui y voyagent obtiennent un corps mécanique gratui

Dans un futur lointain, l'humanité a trouvé un moyen de vivre éternellement en achetant des corps mécaniques, mais cette voie vers l'immortalité est extraordinairement coûteuse. Un garçon sans le sou, Tetsurou Hoshino, souhaite acheter un billet pour le Galaxy Express 999 — un train qui parcourt l'univers — car on dit qu'au bout de la ligne, ceux qui y voyagent obtiennent un corps mécanique gratuitement. Lorsque la mère de Tetsurou est abattue par le sinistre hybride homme-machine le Comte Mecha, tout semble perdu. Tetsurou est alors sauvé d'une mort certaine par la mystérieuse Maetel, une grande femme aux cheveux blonds qui ressemble étrangement à sa mère. Elle lui donne un billet pour le Galaxy Express sous une seule condition : qu'ils voyagent ensemble. Ainsi, Tetsurou commence son périple à travers l'univers, visitant de nombreuses planètes uniques et vivant des aventures palpitantes, dans l'espoir d'atteindre ce qu'il désire le plus.