Au XXIe siècle, sur Terre, le Galaxy Express 999, en route pour le Grand Andromède, s'apprête à partir. Une mystérieuse jeune fille, Jula, apparaît soudainement devant Maetel et Tetsuro, qui visitent un musée. Après avoir prédit la chute de la race humaine, Jula a disparu dans l'espace. Matel et Tetsuro la suivent à bord du 999. Tetsuro retrouve Jula sur l'astéroïde Itokawa, qui fut autrefois expl

Au XXIe siècle, sur Terre, le Galaxy Express 999, en route pour le Grand Andromède, s'apprête à partir. Une mystérieuse jeune fille, Jula, apparaît soudainement devant Maetel et Tetsuro, qui visitent un musée. Après avoir prédit la chute de la race humaine, Jula a disparu dans l'espace. Matel et Tetsuro la suivent à bord du 999. Tetsuro retrouve Jula sur l'astéroïde Itokawa, qui fut autrefois exploré par la sonde Hayabusa. Jula disparaît à nouveau dans l'espace, mais son vaisseau spatial s'écrase sur un astéroïde et tombe sur Jupiter. Tetsuro parviendra-t-il à sauver Jula ? Que signifie la « chute de la race humaine » pour Jula ? Traversant l'espace et le temps, voici la saga du 999 voyageant parmi les étoiles de notre système solaire.