Après le crash mystérieux d'un vaisseau spatial sur Terre, l'humanité réalise qu'elle n'est pas seule. Craignant une menace potentielle venue de l'espace, le monde met de côté son nationalisme, ses intérêts conflictuels et ses différences culturelles, s'unissant sous la bannière des Nations Unies. Les nouvelles forces de l'ONU décident de réutiliser le vaisseau extraterrestre, le baptisant SDF-1 M

Après le crash mystérieux d'un vaisseau spatial sur Terre, l'humanité réalise qu'elle n'est pas seule. Craignant une menace potentielle venue de l'espace, le monde met de côté son nationalisme, ses intérêts conflictuels et ses différences culturelles, s'unissant sous la bannière des Nations Unies. Les nouvelles forces de l'ONU décident de réutiliser le vaisseau extraterrestre, le baptisant SDF-1 Macross. Malheureusement, le jour de son voyage inaugural, une flotte de vaisseaux appartenant à une race d'extraterrestres connue sous le nom de Zentradi descend sur Terre, et le SDF-1 Macross, agissant de sa propre initiative, abat l'escadron entrant, déclenchant ainsi une guerre intergalactique. Dans une tentative d'évasion, le Macross tente de se lancer en orbite lunaire, mais le vaisseau — ainsi que la ville qu'il abritait — est téléporté aux confins de l'espace. Au milieu de ce chaos se retrouvent Hikaru Ichijou, un pilote acrobatique au esprit libre, et Minmay Lynn, une chanteuse en herbe. Ces deux-là, aux côtés de l'équipage du Macross, vivent un voyage épique semé de chagrin et de drame, confrontant les cruautés de la guerre.