Un monde virtuel, le « Monde Digital », fut créé par le réseau actuel. Les « Digimon », des formes de vie digitales, virent le jour et l'ordinateur central Yggdrasil gérait les différentes zones du Monde Digital. Cependant, il développa le Programme X, une entité terrifiante destinée à éliminer tous les Digimon de l'ancien monde pour en développer un nouveau, réservé à certains Digimon seulement…

Un monde virtuel, le « Monde Digital », fut créé par le réseau actuel. Les « Digimon », des formes de vie digitales, virent le jour et l'ordinateur central Yggdrasil gérait les différentes zones du Monde Digital. Cependant, il développa le Programme X, une entité terrifiante destinée à éliminer tous les Digimon de l'ancien monde pour en développer un nouveau, réservé à certains Digimon seulement… Désormais, la plus grande crise jamais connue s'apprête à frapper le Monde Digital. Les X-Digimon, une nouvelle race de Digimon, sont traqués par les Chevaliers Royaux qui protègent les Mondes Digitals. Leur maître, Yggdrasil, le superviseur du réseau, cherche à lancer le Projet Ark pour renouveler les Mondes Digitals et créer de nouveaux Digimon, mais au prix de toute autre forme de vie digitale. Ces nouveaux X-Digimon chercheront les réponses à leur propre existence tout en essayant de protéger la vie de tous les Digimon, et ce faisant, ils changeront à jamais les Mondes Digitals.