Les Enfants élus ont retrouvé leurs Digimon partenaires, qui ne se souviennent plus d'eux suite aux effets d'une réinitialisation numérique. Alors que chacun tente de renouer avec ses monstres numériques, Sora Takenouchi se heurte à la résistance de Piyomon, qui refuse obstinément de lui parler. Soudain, une attaque menée par un Digimon hostile sépare le groupe, dispersant les enfants et leurs Dig

Les Enfants élus ont retrouvé leurs Digimon partenaires, qui ne se souviennent plus d'eux suite aux effets d'une réinitialisation numérique. Alors que chacun tente de renouer avec ses monstres numériques, Sora Takenouchi se heurte à la résistance de Piyomon, qui refuse obstinément de lui parler. Soudain, une attaque menée par un Digimon hostile sépare le groupe, dispersant les enfants et leurs Digimon à travers le Monde Digital. Dans le monde humain, Daigo Nishijima, de l'Agence Administrative Intégrée, reçoit un avertissement : une nouvelle entité est à la poursuite de "Libra", qu'il pense être un alias pour Meicoomon. Pour une raison inconnue, Meicoomon a conservé tous ses souvenirs et se souvient donc encore de sa partenaire Meiko Mochizuki, venue seule dans le Monde Digital pour la retrouver. S'ils espèrent identifier les autres forces qui ont orchestré les incidents jusqu'à présent, les Enfants élus devront survivre aux obstacles du Monde Digital recréé et retrouver le chemin de leur foyer.