Les Enfants élus sont sous le choc après la trahison de Meicoomon, le monstre digital qui avait récemment rejoint leur groupe aux côtés de sa partenaire humaine, Meiko Mochizuki. Koushirou Izumi est déterminé à diagnostiquer l'infection qui a pris le contrôle de Meicoomon. Pendant ce temps, Takeru Takaishi réalise que son propre partenaire, Patamon, commence à présenter des symptômes alarmants sim

Les Enfants élus sont sous le choc après la trahison de Meicoomon, le monstre digital qui avait récemment rejoint leur groupe aux côtés de sa partenaire humaine, Meiko Mochizuki. Koushirou Izumi est déterminé à diagnostiquer l'infection qui a pris le contrôle de Meicoomon. Pendant ce temps, Takeru Takaishi réalise que son propre partenaire, Patamon, commence à présenter des symptômes alarmants similaires à ceux d'autres Digimon infectés, comme Meicoomon. Au même moment, les Enfants élus reçoivent un message de la mystérieuse entité Homeostasis, qui les informe que leur monde risque la destruction totale, tout comme le Monde Digital, la demeure des Digimon. Homeostasis prévoit d'effectuer un « Reboot », qui réinitialisera toutes les données constituant le Monde Digital et éradiquera l'infection. Cependant, le Reboot effacera également les souvenirs de tous les Digimon, y compris ceux des partenaires des enfants. Les Enfants élus parviendront-ils à arrêter Meicoomon avant que le Reboot ne devienne nécessaire, ou est-ce la fin de leur temps passé avec leurs Digimon ?