Se déroulant un an avant l'arrivée des Zentradi sur Terre, Macross Zero relate les derniers jours de la guerre entre l'U.N. Spacy et les factions anti-ONU. Après avoir été abattu par le tout nouveau chasseur des forces anti-ONU, le pilote d'élite Shin Kudo se retrouve sur l'île isolée de Mayan, où la technologie est quasiment inexistante. Alors que Shin reste sur l'île pour se soigner, la tranquil

Se déroulant un an avant l'arrivée des Zentradi sur Terre, Macross Zero relate les derniers jours de la guerre entre l'U.N. Spacy et les factions anti-ONU. Après avoir été abattu par le tout nouveau chasseur des forces anti-ONU, le pilote d'élite Shin Kudo se retrouve sur l'île isolée de Mayan, où la technologie est quasiment inexistante. Alors que Shin reste sur l'île pour se soigner, la tranquillité de celle-ci est brisée par une bataille impliquant le nouveau chasseur de l'ONU – le VF-0.