Le théâtre des événements est la ville d'Ayanagi, une cité située près de la mer du Japon. C'est une métropole futuriste construite pour permettre la reconstruction après la calamité provoquée par le « Syndrome d'Apathie » survenue dix ans auparavant. Le lycéen Shin Kanzato, accompagné de son petit frère Jun, retrouve son frère aîné Ryou, chef de la police d'Ayanagi, après une séparation de dix an

Le théâtre des événements est la ville d'Ayanagi, une cité située près de la mer du Japon. C'est une métropole futuriste construite pour permettre la reconstruction après la calamité provoquée par le « Syndrome d'Apathie » survenue dix ans auparavant. Le lycéen Shin Kanzato, accompagné de son petit frère Jun, retrouve son frère aîné Ryou, chef de la police d'Ayanagi, après une séparation de dix ans. C'est alors qu'une série d'incidents étranges frappe Ayanagi : la disparition soudaine d'un équipage de sous-marin dans son propre navire, un mal qui laisse le monde apathique dix ans plus tard, ou encore le cadavre retourné d'un étudiant qui a pris une apparence cruelle. Ryou enquête sur l'organisation à l'origine de ces incidents et, impliqué malgré lui, Shin éveille le « Persona ».