Alors que la saison passe du printemps à l'été, Makoto Yuuki reste aux côtés de la Specialized Extracurricular Execution Squad (SEES). L'équipe continue de vaincre des Ombres, petites et grandes, mais elle se heurte désormais à un nouvel ennemi : Strega, un groupe d'utilisateurs de Persona renégats qui souhaitent conserver l'Heure Sombre à leur avantage. Il semble que Strega puisse détenir un indi

Alors que la saison passe du printemps à l'été, Makoto Yuuki reste aux côtés de la Specialized Extracurricular Execution Squad (SEES). L'équipe continue de vaincre des Ombres, petites et grandes, mais elle se heurte désormais à un nouvel ennemi : Strega, un groupe d'utilisateurs de Persona renégats qui souhaitent conserver l'Heure Sombre à leur avantage. Il semble que Strega puisse détenir un indice sur la véritable nature de l'Heure Sombre. Pendant que la SEES profite de ses vacances d'été à Yakushima, elle est rejointe par Aegis, une androïde amnésique conçue pour détruire les Ombres. Bien qu'elle prouve être une alliée redoutable, elle est inexplicablement attirée par Makoto et reste constamment à ses côtés. Alors qu'ils plongent plus profondément dans les mystères de l'Heure Sombre, la nature du lien mystérieux qui unit ces deux-là est lentement révélée.