Ren Amamiya, nouveau transfuge à l'Académie Shujin, est envoyé à Tokyo pour vivre chez Sojiro Sakura, un ami de la famille, après avoir été faussement mis à l'épreuve pour avoir défendu une femme victime d'agression sexuelle. Alors qu'il se rend à son premier jour dans sa nouvelle école, Ren remarque qu'une étrange application est apparue sur son téléphone, le transférant dans un monde connu sous

Ren Amamiya, nouveau transfuge à l'Académie Shujin, est envoyé à Tokyo pour vivre chez Sojiro Sakura, un ami de la famille, après avoir été faussement mis à l'épreuve pour avoir défendu une femme victime d'agression sexuelle. Alors qu'il se rend à son premier jour dans sa nouvelle école, Ren remarque qu'une étrange application est apparue sur son téléphone, le transférant dans un monde connu sous le nom de Métavers, qui contient les « ombres » des gens : des représentations déformées de leur véritable moi. Dans le Métavers, il éveille son Persona, un pouvoir profond qui lui donne la force de combattre les ombres. Avec l'aide d'étudiants partageant des problèmes similaires, il forme les Phantom Thieves of Hearts, tentant de sauver les gens de leurs désirs coupables en leur « prenant leur cœur », forçant les malfaiteurs à regretter leurs actes et à changer de vie. La réputation du groupe ne cesse de croître de façon spectaculaire, lui apportant gloire, bonne comme mauvaise. Cependant, au sommet de leur popularité, Ren est capturé et placé en garde à vue. Il se réveille alors à un interrogatoire sévère, mais celui-ci est interrompu par l'arrivée de Sae Niijima, une procureure en quête de réponses. Comment réagira-t-elle à son histoire, et qu'adviendra-t-il des Phantom Thieves ?