À minuit pile, l'Heure Sombre apparaît — une heure secrète dont la plupart ignorent l'existence. Ceux qui ne sont pas piégés dans des cercueils durant cette période, et qui ont le malheur de se trouver conscients, sont confrontés à de dangereuses créatures appelées Ombres. Quelques élus, cependant, ont le potentiel de manier un Persona : un pouvoir spécial utilisé pour vaincre ces êtres. Ce groupe

À minuit pile, l'Heure Sombre apparaît — une heure secrète dont la plupart ignorent l'existence. Ceux qui ne sont pas piégés dans des cercueils durant cette période, et qui ont le malheur de se trouver conscients, sont confrontés à de dangereuses créatures appelées Ombres. Quelques élus, cependant, ont le potentiel de manier un Persona : un pouvoir spécial utilisé pour vaincre ces êtres. Ce groupe secret est appelé SEES (Specialized Extracurricular Execution Squad), et leur mission est de découvrir la raison de l'apparition de l'Heure Sombre. Peu de temps après que le nouvel étudiant Makoto Yuuki s'installe au dortoir d'Iwatodai, son Persona s'éveille après une attaque d'une Ombre puissante. Recruté dans les rangs du SEES, il commence à combattre aux côtés de ses camarades, car seuls eux peuvent protéger l'humanité des Ombres et empêcher l'anomalie qu'est l'Heure Sombre.