Comme pour sa préquelle, Zoku Natsume Yuujinchou suit Takashi Natsume, un garçon qui a la capacité de voir les yōkai depuis son enfance, et son yōkai garde du corps, Madara, surnommé Nyanko-sensei. Natsume tente de rendre aux yōkai de son village les noms inscrits dans son « Livre des Amis » (hérité de sa grand-mère Reiko). Au fil de ces aventures, il rencontre des yōkai amicaux, d'autres qui conv

Comme pour sa préquelle, Zoku Natsume Yuujinchou suit Takashi Natsume, un garçon qui a la capacité de voir les yōkai depuis son enfance, et son yōkai garde du corps, Madara, surnommé Nyanko-sensei. Natsume tente de rendre aux yōkai de son village les noms inscrits dans son « Livre des Amis » (hérité de sa grand-mère Reiko). Au fil de ces aventures, il rencontre des yōkai amicaux, d'autres qui convoitent le Livre, et certains qui veulent le tuer, tandis que Natsume apprend à se connaître et à comprendre sa relation avec ces êtres mystérieux.