Synopsis

Shinji Ikari est laissé dans le coma émotionnel après la mort d'un ami cher. Son fils étant incapable de piloter le robot humanoïde Evangelion Unité-01, la NERV de Gendou Ikari lance une course contre l'organisation secrète SEELE pour voir qui pourra mettre en œuvre son plan ultime en premier. SEELE désire créer un être divin en fusionnant leurs propres âmes dans une unité Evangelion, tandis que Gendou souhaite ramener toute l'humanité à un seul être primordial afin de pouvoir retrouver Yui, son épouse décédée. SEELE déclenche ses forces militaires dans une invasion meurtrière du quartier général de la NERV. Alors que les forces de SEELE abattent les scientifiques et le personnel de sécurité de la NERV, Asuka Langley Souryuu pilote l'Evangelion Unité-02 dans un dernier combat désespéré contre les armes les plus lourdes de SEELE. La bataille fait rage, et un Shinji déprimé se cache au plus profond du quartier général de la NERV. Le destin du monde reposant entre les mains de Shinji, le Capitaine Misato Katsuragi traque l'adolescent alors que la société s'écroule autour d'eux.