Après l'arrêt de l'immense succès du MMORPG en réalité virtuelle « The World », une nouvelle version du jeu, « The World R:2 », est mise en ligne. Dès son premier jour dans le jeu, le nouveau venu Haseo pense avoir trouvé des amis pour partir à l'aventure. Cependant, comme pour se moquer de ses sentiments, ils tuent son personnage juste pour s'amuser. Heureusement, il est sauvé par un mystérieux j

Après l'arrêt de l'immense succès du MMORPG en réalité virtuelle « The World », une nouvelle version du jeu, « The World R:2 », est mise en ligne. Dès son premier jour dans le jeu, le nouveau venu Haseo pense avoir trouvé des amis pour partir à l'aventure. Cependant, comme pour se moquer de ses sentiments, ils tuent son personnage juste pour s'amuser. Heureusement, il est sauvé par un mystérieux joueur borgne nommé Ovan, qui lui propose de lui faire découvrir « The World ». Aux côtés d'Ovan et de son amie clerc Shino, Haseo profite d'une merveilleuse première année dans le jeu. Mais cette vie paisible est anéantie lorsque le personnage de Shino est tué par une figure familière et tristement célèbre, Tri-Edge, dont les victimes sont toutes tombées dans le coma dans le monde réel. Fou de rage, Haseo jure de retrouver l'insaisissable Tri-Edge et de le tuer. Se déroulant durant la première année de Haseo dans « The World », .hack//Roots explore les amitiés qu'Haseo a nouées dans le jeu avant que Tri-Edge ne les détruise.