Se déroulant entre les événements de Free!: Eternal Summer et Free!: Dive to the Future, Free!: Take Your Marks raconte le dernier été des élèves de terminale à travers quatre histoires différentes avant qu'ils ne prennent leur envol vers l'avenir. Unmei no Choice! (Le choix du destin !) suit Haruka Nanase et Makoto Tachibana à la recherche d'un nouvel appartement pour Haruka qui s'installe à Tok

Se déroulant entre les événements de Free!: Eternal Summer et Free!: Dive to the Future, Free!: Take Your Marks raconte le dernier été des élèves de terminale à travers quatre histoires différentes avant qu'ils ne prennent leur envol vers l'avenir. Unmei no Choice! (Le choix du destin !) suit Haruka Nanase et Makoto Tachibana à la recherche d'un nouvel appartement pour Haruka qui s'installe à Tokyo. Hitou no Cooling Down! (Détente à la source chaude secrète !) voit Aiichiro Nitori choisir un cadeau de remise de diplôme pour Rin Matsuoka et Sousuke Yamazaki, tandis que Momotaro Mikoshiba gagne des billets pour les sources chaudes Anago. Espérant un voyage ensemble, Aiichiro et Momotaro invitent Rin et Sousuke. Kessoku no Batafurai! (Papillon uni !) montre Rei Ryugazaki, Nagisa Hazuki et Gou Matsuoka créant une vidéo de recrutement pour attirer de nouveaux membres au club pour l'année scolaire prochaine. Tabidachi no Etanaru Buru! (Éternel bleu du départ !) se penche sur les plans des équipes de natation d'Iwatobi et de Samezuka pour la fête surprise de départ de Rin, qui s'apprête à partir pour l'Australie.