Dans un futur lointain, la Terre étant devenue surpeuplée, des efforts ont été lancés pour trouver et coloniser d'autres planètes. Cependant, l'un des vaisseaux, le « Mesopotamia », subit une défaillance et tous ses habitants, à l'exception de six, sont tués. Les six survivants parviennent à s'échapper vers une planète proche nommée « Terra ll », qui ressemble à la Terre à bien des égards. Or, ils

Dans un futur lointain, la Terre étant devenue surpeuplée, des efforts ont été lancés pour trouver et coloniser d'autres planètes. Cependant, l'un des vaisseaux, le « Mesopotamia », subit une défaillance et tous ses habitants, à l'exception de six, sont tués. Les six survivants parviennent à s'échapper vers une planète proche nommée « Terra ll », qui ressemble à la Terre à bien des égards. Or, ils sont tous des hommes. Par conséquent, afin que leurs efforts ne soient pas vains, ils commencent à établir six pays et à se reproduire par clonage et ingénierie génétique. Cependant, il n'y a toujours pas de femmes, et pour pallier ce manque, ils créent des androïdes féminins avancés et réalistes appelés « Marionnettes » qui s'occupent des tâches quotidiennes et du travail. Mais ce sont toutes des machines dénuées d'émotions. Or, un jour, un garçon ordinaire nommé Otaru trouve et réveille trois Marionnettes spéciales de type combat qui possèdent des émotions grâce à un « Maiden Circuit » en elles. Il lui appartient alors de les éduquer et de laisser leurs émotions grandir, et lorsqu'un pays voisin menace de dominer le monde, c'est à Otaru et à ses Marionnettes « humaines » de protéger leur pays.