Plusieurs mois ont passé depuis l'incident des Jewel Seeds, et Nanoha Takamachi s'apprête à accueillir le retour de Fate Testarossa après son procès auprès du Bureau Administratif. Ayant obtenu une grâce conditionnelle pour son rôle dans la prévention de la crise, Fate a été autorisée à suivre les cours avec Nanoha. Cependant, avant que les deux jeunes filles ne puissent retrouver une vie quotidie

Plusieurs mois ont passé depuis l'incident des Jewel Seeds, et Nanoha Takamachi s'apprête à accueillir le retour de Fate Testarossa après son procès auprès du Bureau Administratif. Ayant obtenu une grâce conditionnelle pour son rôle dans la prévention de la crise, Fate a été autorisée à suivre les cours avec Nanoha. Cependant, avant que les deux jeunes filles ne puissent retrouver une vie quotidienne paisible, un groupe de mages noirs fond sur elles. Submergées par leurs assaillants inconnus, Nanoha et Fate voient leur mana absorbé par un sinistre grimoire, et leurs armes Raising Heart et Bardiche sont endommagées dans l'opération. Les responsables de cette embuscade sont les Wolkenritter, et ses quatre membres – Vita, Signum, Shamal, et le familier Zafira – ont été convoqués par le Livre des Ténèbres pour accomplir ses desseins maléfiques. La propriétaire actuelle du livre est la jeune Hayate Yagami, ignorante de sa véritable nature, tandis que les Wolkenritter, qui chargent sa puissance avec le mana volé de force, sont tenus par leur devoir de mener le tome à sa complétion. Vidées de leurs forces et sans armes, Nanoha et Fate doivent lutter contre la montre pour retrouver leur puissance et affronter les Wolkenritter, dans le but d'empêcher le quatuor d'achever le Livre des Ténèbres et de libérer sa magie dévastatrice sur le monde. [Écrit par MAL Rewrite]