Les distinguées magiciennes Nanoha Takamachi, Fate Testarossa et Hayate Yagami travaillent désormais comme militaires pour le Bureau de l'Administration Temps-Espace sur la planète Midchilda, ayant terminé leurs études sur Terre au cours des dix dernières années depuis l'incident du « Livre des Ténèbres ». Un jour, les trois femmes aident le Bureau à répondre à un grave incendie d'aéroport, mais

Les distinguées magiciennes Nanoha Takamachi, Fate Testarossa et Hayate Yagami travaillent désormais comme militaires pour le Bureau de l'Administration Temps-Espace sur la planète Midchilda, ayant terminé leurs études sur Terre au cours des dix dernières années depuis l'incident du « Livre des Ténèbres ». Un jour, les trois femmes aident le Bureau à répondre à un grave incendie d'aéroport, mais leurs efforts restent méconnus. Une série d'événements malheureux pousse Hayate à créer l'unité d'élite Riot Force 6, qui traite les affaires impliquant la sécurité publique ainsi que des objets magiques dangereux appelés Lost Logia. Là, le trio travaille aux côtés de recrues prometteuses comme Subaru Nakajima, Teana Lanster, Caro Ru Lushe et Erio Mondial, qui endurent un entraînement difficile pour répondre aux attentes tout en surmontant des obstacles et en atteignant leurs objectifs personnels. Cependant, l'exécution de leur mission s'avère être une lutte constante. En combattant des ennemis qui exploitent les Lost Logia et en faisant face aux critiques venues de l'intérieur du Bureau, la Riot Force 6 se retrouve rapidement débordée.