Suite à la clôture de l'affaire « Laughing Man », la Section 9 est rétablie par la nouvelle Première ministre du Japon, Yōko Kayabuki, afin de lutter contre la menace persistante du cyber-terrorisme. Un groupe se faisant appeler « The Individual Eleven » a commencé à commettre des actes de terreur à travers le Japon. Tandis que Motoko Kusanagi, Daisuke Aramaki, Batou et les autres membres de la S

Suite à la clôture de l'affaire « Laughing Man », la Section 9 est rétablie par la nouvelle Première ministre du Japon, Yōko Kayabuki, afin de lutter contre la menace persistante du cyber-terrorisme. Un groupe se faisant appeler « The Individual Eleven » a commencé à commettre des actes de terreur à travers le Japon. Tandis que Motoko Kusanagi, Daisuke Aramaki, Batou et les autres membres de la Section 9 enquêtent sur cette nouvelle menace, le gouvernement japonais est confronté à une crise distincte, alors que des réfugiés étrangers déplacés par la Troisième Guerre mondiale cherchent asile au Japon. Mais à mesure que les membres de l'équipe des opérations spéciales rencontrent continuellement Gouda Kazundo – un membre éminent du Cabinet Intelligence Service – dans leur chasse, ils commencent à soupçonner qu'il pourrait être impliqué, et que les événements de la crise des réfugiés et de The Individual Eleven pourraient être plus liés qu'ils ne le pensent...