Synopsis

Trois ans après la résolution du complot du Projet Babylone, les membres de l'unité Patlabor de Kiichi Gotou ont pris des chemins séparés. Gotou reste au sein de l'équipe Patlabor, accompagné de Shinobu Nagumo, son béguin et camarade. Jouant sur le scepticisme du public envers la Force d'autodéfense terrestre japonaise, une organisation terroriste commence à agir de l'intérieur de l'armée pour semer la destruction et un vaste chaos civil à travers le Japon. Nagumo découvre que le cerveau derrière ce complot terroriste grandissant n'est autre que Yukihito Tsuge, son ancien mentor et amant. Gotou rassemble son ancienne équipe Patlabor, dirigée par la pilote Noa Izumi. Guidant l'équipe dans une mission pour arrêter Tsuge, Nagumo doit faire face à ses relations passées complexes pour sauver le Japon.