En 2024, l'incident terroriste connu sous le nom de « L'incident du Rieur » survient, durant lequel Ernest Serano, président de Serano Genomics, l'entreprise avant-gardiste spécialisée dans les micromachines, est enlevé et une rançon est demandée. Un jour, alors que l'affaire reste non résolue depuis six ans, le détective Yamaguchi, qui enquête sur « L'incident du Rieur », fait savoir qu'il souhai

En 2024, l'incident terroriste connu sous le nom de « L'incident du Rieur » survient, durant lequel Ernest Serano, président de Serano Genomics, l'entreprise avant-gardiste spécialisée dans les micromachines, est enlevé et une rançon est demandée. Un jour, alors que l'affaire reste non résolue depuis six ans, le détective Yamaguchi, qui enquête sur « L'incident du Rieur », fait savoir qu'il souhaite rencontrer Togusa de la Section 9 de la Sécurité Publique. Cependant, peu après l'envoi de ce message, Yamaguchi, élément clé dans la résolution de l'affaire, meurt dans un accident. De nombreux jours passent et, au milieu d'un entretien de police concernant les suspicions pesant sur les intercepteurs, un avertissement nous parvient du Rieur, annonçant son prochain méfait. Le hacker incorporel se remet en mouvement.