Synopsis

Quatorze ans après le Troisième Impact, la Terre est un désert post-apocalyptique, la civilisation humaine est en ruines et les personnes que Shinji Ikari connaît sont presque méconnaissables. Piégé à l'intérieur de l'Evangelion Unité-01, il est récupéré de l'espace par Asuka Langley Shikinami et Mari Illustrious Makinami, pour se retrouver prisonnier de WILLE, une faction militaire dirigée par son ancienne tutrice Misato Katsuragi. Froides et amères, ses anciennes alliées le regardent avec suspicion et refusent de le soutenir alors qu'il accepte les conséquences de ses actes. Shinji, blessé et confus, est sauvé de WILLE par Rei Ayanami et ramené au quartier général de NERV. Là, il rencontre et se lie rapidement d'amitié avec l'énigmatique Kaworu Nagisa, qui lui offre chaleur et éclaircissements sur l'état de la guerre de NERV contre les Anges. Mais le bref répit de Shinji et Kaworu se situe à la veille d'une nouvelle bataille, une bataille dans laquelle Shinji découvre que ses ennemis ne sont plus les Anges mais d'anciens camarades. Dans cette amère confrontation pour déterminer l'avenir du monde, Shinji apprendra à ses dépens que le passé ne peut vraiment pas être défait.