Le film se concentre sur Anemone, une jeune fille qui a perdu son père lors d'une bataille à Tokyo sept ans avant le début de l'histoire, ne lui laissant que son jouet en peluche Gulliver et le concierge IA Dominikids pour son soutien émotionnel. Elle fait désormais partie intégrante d'une stratégie de l'unité expérimentale « Acid » pour combattre le septième Eureka, « Eureka Seven », un ennemi de

Le film se concentre sur Anemone, une jeune fille qui a perdu son père lors d'une bataille à Tokyo sept ans avant le début de l'histoire, ne lui laissant que son jouet en peluche Gulliver et le concierge IA Dominikids pour son soutien émotionnel. Elle fait désormais partie intégrante d'une stratégie de l'unité expérimentale « Acid » pour combattre le septième Eureka, « Eureka Seven », un ennemi de l'humanité qui a causé la mort de 2,6 milliards de personnes. Poussée à bout, toute l'humanité place ses espoirs en Anemone alors qu'elle plonge au plus profond de Eureka Seven.