Dans le futur, l'humanité s'est étendue et a colonisé d'autres planètes. Puis une espèce extraterrestre, les Victim, attaque les colonies humaines, ne laissant qu'une seule planète, Zion. Dans un effort pour empêcher les Victim de détruire la dernière planète, une école d'entraînement, la GOA, est mise en place pour rassembler des garçons des colonies de Zion et les former à devenir les pilotes de

Dans le futur, l'humanité s'est étendue et a colonisé d'autres planètes. Puis une espèce extraterrestre, les Victim, attaque les colonies humaines, ne laissant qu'une seule planète, Zion. Dans un effort pour empêcher les Victim de détruire la dernière planète, une école d'entraînement, la GOA, est mise en place pour rassembler des garçons des colonies de Zion et les former à devenir les pilotes des Ingrids, alias les Goddesses, cinq robots de combat qui protègent Zion. Les garçons doivent posséder un type de sang rare, le EO, ainsi qu'une capacité spéciale, l'EX. Zero (Candidat 88) vient d'arriver à la GOA lorsqu'il tombe dans le cockpit de l'Ingrid Eeva-Leena. Comme la synchronisation entre le pilote et l'Ingrid est très sensible, tout le monde croit que la Déesse va tuer Zero dans une tentative de synchronisation. Juste avant de perdre connaissance, Zero parvient à une synchronisation complète avec la Déesse. Avant qu'il ne puisse en apprendre davantage sur l'incident, son entraînement de pilote commence.