Synopsis

En l'an 2167, une vague de radiations provoquée par la supernova de l'étoile voisine Hydrus Beta a causé des dégâts catastrophiques sur Terre, entraînant la mort de millions de personnes. Nous sommes maintenant en l'an 2356. Unis pour reconstruire la Terre, l'humanité se prépare à la seconde vague de destruction causée par la supernova. Afin de protéger la planète des futures menaces, d'immenses colonies spatiales appelées "Foundations" ont été construites dans tout le système solaire. Servants de centres de savoir et d'exploration, c'est dans l'une de ces Foundations, la Stellvia, que Shima Katase postule pour devenir étudiante préparatoire, contre la volonté de sa mère, aspirant à voir l'espace de ses propres yeux. À la Stellvia, Katase s'entraîne pour devenir pilote et espère être sélectionnée pour la "Great Mission" visant à protéger la Terre de la seconde vague. Tandis qu'elle lutte à la fois dans ses cours de pilotage et dans sa vie sociale tumultueuse, elle évolue lentement pour devenir quelqu'un qui pourrait bien être capable de protéger l'humanité.