Le frère aîné de Sara Werec, âgée de onze ans, Ralph, a été envoyé sur les lignes de front d'une guerre interstellaire située à 130 années-lumière, et Sara a juré de le retrouver un jour en tant que camarade. Cinq ans plus tard, Sara est étudiante à l'Académie des Soldats Armés de l'Espace de Grapera, s'entraînant pour devenir une Raisonneuse, pilote d'un système d'armement avancé appelé « Strain 

Le frère aîné de Sara Werec, âgée de onze ans, Ralph, a été envoyé sur les lignes de front d'une guerre interstellaire située à 130 années-lumière, et Sara a juré de le retrouver un jour en tant que camarade. Cinq ans plus tard, Sara est étudiante à l'Académie des Soldats Armés de l'Espace de Grapera, s'entraînant pour devenir une Raisonneuse, pilote d'un système d'armement avancé appelé « Strain ». Lorsque l'académie est soudainement attaquée par des forces ennemies, Sara entre en combat contre un Strain qui la surpasse rapidement. Après l'avoir neutralisée, le pilote se révèle être son Ralph. Tuer tous les autres étudiants et détruire l'école, il disparaît, laissant Sara remettre en question tout ce qu'elle a jamais connu. Soukou no Strain est l'histoire de Sara qui reprend son entraînement sous un nouveau nom, déterminée à confronter son frère et à comprendre les actions de ce dernier.