Synopsis

12 000 ans après les événements de Genesis Aquarion, l'humanité vit sur la planète Vega, constamment menacée par des êtres trans-dimensionnels appelés les Abducteurs. Ces ennemis proviennent d'Altair, la planète jumelle de Vega, et attaquent Vega pour y enlever des vies humaines. Pour contrer cette menace, une organisation nommée Neo-DEAVA a été fondée. Ses membres pilotent des mechas avancés appelés Aquaria et sont strictement séparés par genre. Les garçons et les filles n'ont pas le droit d'entrer en contact ; ils sont même empêchés de combattre sur le même champ de bataille. Cependant, les événements prennent un tournant choquant lorsqu'un mecha Abducteur avancé entre en jeu. Deux adolescents, Mikono et Amata, sont entraînés dans le conflit. À son insu, Amata commet un interdit en invoquant un Aquaria et initie ce qui est appelé l'Union Interdite entre les Aquaria masculins et féminins. Neo-DEAVA est sous le choc, et les répercussions des actions d'Amata vont bien au-delà de ce qu'il imagine. Comment a-t-il pu invoquer un Aquaria ? Où a-t-il appris à former une Union Interdite ? Et pourquoi Mikono a-t-elle également pu piloter ce mecha ?