Il y a bien longtemps, une race nommée les Shadow Angels attaqua la Terre afin de récolter l'énergie vitale de tous ses habitants. Grâce à un miracle extraordinaire, les Shadow Angels entrèrent en dormance, et l'humanité put vivre encore 12 000 ans sans craindre leur présence. Mais onze ans après une catastrophe surnommée la Holy Genesis qui avait dévasté la Terre, les Shadow Angels furent tirés d

Il y a bien longtemps, une race nommée les Shadow Angels attaqua la Terre afin de récolter l'énergie vitale de tous ses habitants. Grâce à un miracle extraordinaire, les Shadow Angels entrèrent en dormance, et l'humanité put vivre encore 12 000 ans sans craindre leur présence. Mais onze ans après une catastrophe surnommée la Holy Genesis qui avait dévasté la Terre, les Shadow Angels furent tirés de leur sommeil et reprirent leurs attaques. Pour donner une chance à l'humanité, une organisation nommée DEAVA fut formée, et l'utilisation d'une arme robotique nommée Aquarion fut autorisée. Pour que l'Aquarion atteigne sa pleine puissance, trois pilotes doivent unir leurs cœurs, leurs corps et leurs âmes en un seul – un exploit que peu peuvent espérer réaliser. Ainsi, la recherche des soi-disant « Element Users » fut une priorité, dans l'espoir d'assurer l'avenir de l'humanité. Sousei no Aquarion suit l'histoire d'Apollo, un jeune homme presque sauvage élevé dans la pauvreté, que l'on croit être la réincarnation d'un héros légendaire. Après que son meilleur ami ait été enlevé par les Shadow Angels, Apollo choisit de devenir un pilote d'Aquarion. Sera-t-il capable de renverser le cours de la guerre et de libérer l'humanité de la menace des Shadow Angels une fois pour toutes ?