Sur une planète désertique isolée nommée Zi, un jeune garçon, Van, découvre une installation abandonnée et délabrée. À l'intérieur, il trouve un cocon opaque qui se brise de lui-même, révélant une créature robotique ressemblant à un dinosaure, un "Organoid". Van nomme la créature Zeke et la revendique, mais un groupe de bandits cherche à s'en emparer. Ces derniers sont équipés de "Zoids", des unit

Sur une planète désertique isolée nommée Zi, un jeune garçon, Van, découvre une installation abandonnée et délabrée. À l'intérieur, il trouve un cocon opaque qui se brise de lui-même, révélant une créature robotique ressemblant à un dinosaure, un "Organoid". Van nomme la créature Zeke et la revendique, mais un groupe de bandits cherche à s'en emparer. Ces derniers sont équipés de "Zoids", des unités mécaniques anthropomorphes ou animales utilisées au combat. Van parvient à repousser ses poursuivants en faisant revivre et en fusionnant avec un ancien Zoid, le "Shield Liger". Van retourne à l'installation avec Zeke et y trouve un nouveau cocon. Il est ravi à l'idée d'avoir obtenu un autre Organoid, mais lorsque le cocon se brise, c'est une jeune fille qui en émerge. Ignorant ses origines, la fille se souvient seulement que son nom est Fiona et qu'elle doit retrouver un objet appelé le "Zoid Eve". Déterminée à percer le mystère de son existence, Fiona s'aventure aux côtés de Van et Zeke pour découvrir ce qu'est réellement le Zoid Eve. Le trio rencontrera de nombreux amis et ennemis au cours de leur aventure, affrontant divers dangers tout en partageant des moments légers durant leur périple.