Se déroulant après les événements du quatrième film, la série suit Keisuke Amano, 11 ans, le jeune frère de Natsume (tous deux sont les enfants de Keita Amano et Fumika Kodama de l'anime original *Youkai Watch*), qui ne croit en aucun phénomène surnaturel autour de lui. Mais remarquant que sa sœur rentre souvent tard chez elle, il décide de la suivre en secret, pour découvrir qu'elle accomplit ses

Se déroulant après les événements du quatrième film, la série suit Keisuke Amano, 11 ans, le jeune frère de Natsume (tous deux sont les enfants de Keita Amano et Fumika Kodama de l'anime original *Youkai Watch*), qui ne croit en aucun phénomène surnaturel autour de lui. Mais remarquant que sa sœur rentre souvent tard chez elle, il décide de la suivre en secret, pour découvrir qu'elle accomplit ses devoirs en exorcisant les mauvais Youkai aux côtés de ses amis Touma et Akinori, et qu'elle dirige une agence de détectives Yo-Kai. Son secret étant révélé, Natsume décide de le laisser l'accompagner dans ses activités alors qu'ils enquêtent sur des crimes commis par des Youkai et combattent de mauvais Youkai pour maintenir la paix dans toute la ville.