Quand une baleine volante géante apparaît soudainement au-dessus de Sakura New Town et que son chant se fait entendre, les Yo-Kai subissent une transformation. Les personnages réalisent bientôt qu'en conséquence, ils sont devenus corporels et existent dans un monde matériel. Il s'agit du troisième film de la série Yo-Kai Watch, basé sur le jeu à succès.