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Lors de la bataille entre les Dragons du Ciel et les Dragons de la Terre, la voyante Princesse Hinoto prédit la fin de l'humanité. Une figure centrale, Kamui Shirou, âgé de 15 ans, doit choisir s'il doit s'allier aux Dragons de la Terre et détruire la civilisation pour protéger la planète, ou aux Dragons du Ciel pour sauver l'humanité. Suite au dernier souhait de sa mère, Kamui retourne à Tokyo a

Lors de la bataille entre les Dragons du Ciel et les Dragons de la Terre, la voyante Princesse Hinoto prédit la fin de l'humanité. Une figure centrale, Kamui Shirou, âgé de 15 ans, doit choisir s'il doit s'allier aux Dragons de la Terre et détruire la civilisation pour protéger la planète, ou aux Dragons du Ciel pour sauver l'humanité. Suite au dernier souhait de sa mère, Kamui retourne à Tokyo après six ans d'exil auto-imposé. Là, il tente de voler l'Épée Sacrée au temple protégé par Kyougo Monou – le père de ses amis d'enfance, Fuuma et Kotori. Cependant, après l'échec de la tentative de Kamui, une personne mystérieuse parvient à obtenir l'épée à sa place. Convaincue que Kamui est l'homme de sa prophétie, Hinoto envoie les Dragons du Ciel à sa poursuite pour le rallier à leur cause. Bien que Kamui rejette d'abord son destin, les attaques incessantes des Dragons de la Terre contre ceux qui lui sont chers le poussent à décider si la vie de ses amis doit prévaloir sur le sort de la Terre et enfin choisir un camp.