Deux ans se sont écoulés depuis le raid de la CCG sur Anteiku. Bien que l'atmosphère à Tokyo ait radicalement changé en raison de l'influence croissante de la CCG, les goules continuent de poser problème car elles ont commencé à prendre des précautions, en particulier l'organisation terroriste Arbre Aogiri, qui reconnaît la menace croissante de la CCG pour leur existence. La création d'une équipe

Deux ans se sont écoulés depuis le raid de la CCG sur Anteiku. Bien que l'atmosphère à Tokyo ait radicalement changé en raison de l'influence croissante de la CCG, les goules continuent de poser problème car elles ont commencé à prendre des précautions, en particulier l'organisation terroriste Arbre Aogiri, qui reconnaît la menace croissante de la CCG pour leur existence. La création d'une équipe spéciale, connue sous le nom de Quinx Squad, pourrait donner à la CCG l'élan dont elle a besoin pour exterminer les résidents indésirables de Tokyo. En tant qu'humains ayant subi une intervention chirurgicale afin d'utiliser les capacités spéciales des goules, ils participent à des opérations visant à éradiquer ces créatures dangereuses. Le chef de ce groupe, Haise Sasaki, est un semi-goule, semi-humain qui a été formé par le célèbre enquêteur de classe spéciale, Kishou Arima. Cependant, il y a plus chez ce jeune homme qu'il n'y paraît, car des souvenirs inconnus rongent son esprit, lui rappelant lentement la personne qu'il était autrefois.