Une crise menace la Terre avec l'expansion d'un trou noir mouvant, en l'an 2220. Un plan est conçu pour déplacer plus de 300 millions de personnes de la Terre. Lorsque la dernière flotte de transport est attaquée, le Vaisseau spatial Yamato intervient pour la défendre. Le navire est désormais commandé par Susumu Kodai. À bord se trouve également sa fille, Miyuki, enfant de Susumu et Yuki.