En l'an 2199, la race Gamilon déclare la guerre à l'humanité, avec l'intention de s'emparer de la Terre. Les combattants terrestres font tout ce qui est en leur pouvoir pour maintenir la planète stable, mais la technologie extraterrestre s'avère bien trop avancée, et la destruction qui en résulte rend la surface de la Terre complètement inhabitable. Les abris souterrains s'affaiblissent également,

En l'an 2199, la race Gamilon déclare la guerre à l'humanité, avec l'intention de s'emparer de la Terre. Les combattants terrestres font tout ce qui est en leur pouvoir pour maintenir la planète stable, mais la technologie extraterrestre s'avère bien trop avancée, et la destruction qui en résulte rend la surface de la Terre complètement inhabitable. Les abris souterrains s'affaiblissent également, et si rien ne change, l'humanité s'éteindra en moins d'un an. Mais au moment où tout semble perdu, la Reine Starsha de la planète Iscandar offre son aide. La clé de la victoire réside dans le Cosmo-Cleaner D, capable d'éliminer les radiations dont souffre la Terre. Cependant, le seul moyen de mettre la main sur cet appareil salvateur est qu'un terrien se rende sur Iscandar — à 148 000 années-lumière de distance — pour le récupérer. Le problème est qu'ils ont moins d'un an avant que le temps ne soit écoulé. Le destin de toute la race humaine repose entre les mains de l'équipage d'un vaisseau de la Seconde Guerre mondiale récupéré, le Space Battleship Yamato.