Pour protéger la paix et la sécurité du Japon face aux mystérieux « Êtres Monstres Géants », l'Institut de Super-Évolution du Shinkansen a développé les « Robots Transformables Shinkansen, Shinkalions ». En prévision de l'attaque de nouveaux ennemis, l'Institut de Super-Évolution développe un nouveau type de robot appelé « Shinkalion Z », ainsi que de nouveaux véhicules d'amélioration armée nommés

Pour protéger la paix et la sécurité du Japon face aux mystérieux « Êtres Monstres Géants », l'Institut de Super-Évolution du Shinkansen a développé les « Robots Transformables Shinkansen, Shinkalions ». En prévision de l'attaque de nouveaux ennemis, l'Institut de Super-Évolution développe un nouveau type de robot appelé « Shinkalion Z », ainsi que de nouveaux véhicules d'amélioration armée nommés « Zailiners », qui se transforment à partir de trains conventionnels pour augmenter la puissance du « Shinkalion Z ». Les enfants possédant un taux de compatibilité élevé, devenus les pilotes du « Shinkalion Z », uniront leurs forces aux membres du personnel de l'institut pour affronter les monstres géants réapparus. L'apparition d'ennemis inconnus... Et la rencontre de deux garçons.