En 2005, une race de monstres extraterrestres appelés Zonders émerge des profondeurs de la Terre et lance une série d'attaques sur la ville de Tokyo. L'unique défense contre ces créatures est l'agence secrète connue sous le nom de Gutsy Geoid Guard (ou 3G) et leur arme ultime, l'incroyable robot géant GaoGaiGar. Le pilote de GaoGaiGar, Guy Shishio, est un ancien astronaute qui a failli mourir deux

En 2005, une race de monstres extraterrestres appelés Zonders émerge des profondeurs de la Terre et lance une série d'attaques sur la ville de Tokyo. L'unique défense contre ces créatures est l'agence secrète connue sous le nom de Gutsy Geoid Guard (ou 3G) et leur arme ultime, l'incroyable robot géant GaoGaiGar. Le pilote de GaoGaiGar, Guy Shishio, est un ancien astronaute qui a failli mourir deux ans auparavant lors du premier crash des Zonders sur Terre. La vie de Guy fut sauvée lorsqu'un mystérieux lion robotique nommé Galeon le tira de la navette en feu et l'amena sur Terre. Le père de Guy, Leo, utilisa alors la technologie de Galeon pour reconstruire son fils brisé en cyborg, dans l'espoir qu'il puisse arrêter les extraterrestres lorsqu'ils apparaîtraient. Désormais, avec Galeon en son cœur, GaoGaiGar combat pour protéger la Terre. Il est aidé par une équipe de robots transformables et par un jeune garçon nommé Mamoru, qui possède le pouvoir de purifier les cœurs des Zonders et semble être lié au mystérieux Galeon.