Le 2e Chapitre poursuit l'histoire de la quête de Ryo Takatsuki et de ses compagnons pour découvrir le secret du mystérieux A.R.M.S. qu'ils possèdent tous et ce que l'avenir leur réserve. Ils savent désormais où se trouvent les réponses, mais pour y parvenir, ils devront livrer un combat désespéré pour leur survie contre une puissante corporation militaire qui convoite leurs secrets à tout prix.