Après la défaite de Myouri Unzen aux mains de Medaka Kurokami et de son conseil étudiant, la paix est revenue à l'Académie Hakoniwa – du moins, pour un temps. Bientôt, Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune et Mogana Kikaijima se retrouvent mêlés à un nouveau complot sinistre, connu sous le nom de « Flask Plan », mené par le proviseur de l'école lui-même. Cependant, le premier problème du consei

Après la défaite de Myouri Unzen aux mains de Medaka Kurokami et de son conseil étudiant, la paix est revenue à l'Académie Hakoniwa – du moins, pour un temps. Bientôt, Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune et Mogana Kikaijima se retrouvent mêlés à un nouveau complot sinistre, connu sous le nom de « Flask Plan », mené par le proviseur de l'école lui-même. Cependant, le premier problème du conseil est de faire face à un tout nouveau groupe d'élèves surhumains qui s'autoproclament le « Thirteen Party », dirigé par l'égocentrique mais puissant Oudo Miyakonojou. Avec le mystérieux « Flask Plan », la tyrannie d'Oudo et la résurgence d'un vieil ennemi, la situation à l'Académie Hakoniwa est loin d'être tranquille, et Medaka et ses compagnons ont fort à faire alors que les choses deviennent encore plus anormales.